德川幕府趋于保守，首先是因为扩张行动缺乏成效，其次是因为对外通商，九州岛地方大名获利最大，威胁幕府统治，第三是因为通商的同时，也带来了以天主教为主的基督教。基督徒大增，遭到佛教和神道教势力的反对，造成内乱增多。幕府因此越来越排斥西方商人，逐步开始禁教和减少对外贸易。九州的诸侯由于外贸获利减少，转而加重税赋。1637年末，岛原地区连年天灾，该地民众又多信仰天主教，在多种因素作用下，爆发起义，次年遭到幕府残酷镇压。此时正值欧洲三十年战争时期，天主教与新教的矛盾及新教内部的矛盾也被带到日本。荷兰商人因保证不传教，获得幕府信任，被允许在长崎的出岛建馆通商，但不得入内地，并受幕府直接控制，而葡萄牙、英国、西班牙商人则先后被赶出日本。此后二百多年里，幕府施行严厉的锁国政策，禁止普通日本人与西方往来，如果私造可以远航的大船要被处死。除中国、朝鲜、琉球的船只外，远方的夷人只有荷兰一家，因此还在日本形成了了解西方的兰学。
德川幕府能够暂时躲开列强的侵扰，是因为日本既无资源，又缺市场，地缘位置也不重要，在大航海后的全球贸易链中处于边缘地带，油水太少，列强感觉不值得投入重兵。但是这种锁国的日子迟早要结束，欧洲太绕远，美国更便捷。1853年美国军舰来到日本，武力威胁要求通商，德川幕府被迫应允。第二年两国签订《日美亲善条约》，又称《神奈川条约》，给予美国最惠国待遇。英国、俄国、荷兰、法国纷纷跟进，幕府的声望逐渐受损。日本被迫打开国门，被纳入了全球贸易体系，虽然只占国际总量中微不足道的贸易额，却使日本西南地区的工商业得到迅猛发展。九州岛曾是日本的乱源之地，此时成为新兴之地，其中的萨摩藩因与西方频繁接触，眼界大开，获利丰厚，形成了一股独立的政治势力。几路新兴力量联手，对已经式微的德川幕府提出挑战，先后发起尊王攘夷、倒幕维新运动。1867年，孝明天皇去世，皇子睦仁继位，1868年1月发布《王政复古大号令》，宣布废除幕府制度。幕府势力反抗，经戊辰战争，被维新派军队击败。10月23日天皇改元明治，之后推行一系列改革措施，史称“明治维新”。维新一词出自《诗经》中的“周虽旧邦，其命维新”。
日本明治维新后明治天皇（1852-1912）身着不同服装的两张照片
日本明治维新要有新思想，此时的日本已经有了充足准备。著名学者福泽谕吉（1835-1901）感到只在日本学习兰学视野过窄，于1862年利用译员身份随使团游历欧洲。他没有停留于表面的繁荣和技术的先进，而是深入考察欧洲的商业、军事、政治、法律、教育、科研、外交等诸多方面，回国后痛定思痛，著书立说，倡导西学，后来还提出“脱亚入欧”论。福泽谕吉的学说在日本影响巨大，他的著作维新人士几乎人手一册。考察西方、研究西学在日本蔚然成风。木户孝允、西乡隆盛、大久保利通、伊藤博文等官员努力实践推进，日本国力与日俱增，朝鲜、中国、俄国相继成为验证明治维新成果的试验场。福泽谕吉是全面审视工业文明的亚洲第一人，同时也是日本军国主义侵略扩张的理论家和设计师，因为思想上“脱亚入欧”，行动上必然是“侵亚排欧”。
日本明治维新后日本最大面值一万元纸币上的福泽谕吉像
