其中占主流的说法主要有两种：一种认为这里曾做屯兵时的驻地和弹药库之用。《新安志》上记载：“东汉时期，孙权为削平黟、歙等地,派威武中郎将贺齐屯兵于溪水之上,后改新安江上游水域为“屯溪”。这既解释了“屯溪”地名的由来，也为石窟群提供了一种答案。这种说法可由窟内遗留的矛、斧、大量未使用过的石块，以及某些岩壁上留有烟熏的痕迹等为佐证。
另一种说法则认为石窟是徽商为储盐而建。古代的徽州地理位置封闭，通往外界的捷径只有新安江。因而这里成为物资集散地,徽州盐商们便在此开凿石窟建成盐库。这种说法可以很好地解释石窟群中的石窟规模不同、样式各异的原因，因为它们分属于不同的盐商所有。
不过，每种说法在有其一定合理性的同时，也都有着无法自圆其说的硬伤。专家们为此做出种种推测和分析，但迄今仍然未能找到统一的确定答案。
巧合的是，这是北纬30度神秘线上唯一一处石窟群奇观。同在这条神秘线上的还有：北大西洋百慕大三角海域、埃及金字塔及狮身人面像、亚特兰蒂斯大陆、诺亚方舟、死海、撒哈拉大沙漠、珠穆朗玛峰、钱塘江潮、神农架野人之谜等。
花山谜窟留给后世的是无尽的遐思，有待每位带着好奇心走入这里的人来破解。
