自溶阶段之后就是腐烂过程，细菌开始腐蚀器官。在正常的温和环境中，尸体在死亡后三天左右开始发生腐烂。几个月内，遗体就剩下骸骨了。在炎热潮湿的环境中，这一过程会加快，因为细菌在这种环境中繁殖得更快。在寒冷干燥的环境中，此过程会放慢，因为细菌的繁殖需要温度和水分（这就是我们用冰箱来储存食物的原因）。如果环境足够寒冷或干燥，或是没有足够的氧气，在如此恶劣的环境下没什么细菌能够存活。这样，遗体就不会完全腐烂，或许可以保存上千年。
“木乃伊”名称的由来
关于木乃伊的一个常见问题是：他们如何被冠以如此古怪的名字呢？“木乃伊”这个词是早期来到埃及的阿拉伯旅行者使用的。当外来人看到一些覆有黑色树脂状物质的木乃伊时，他们就误认这些尸体是在乌黑而粘稠的柏油中浸渍过的。正因为如此，他们便称这些被保存的遗体为“木乃伊”（mummiya），阿拉伯语沥青的意思。
伊利诺伊大学木乃伊课题组比尔·魏兰德供图
其实在大自然中，有很多种情形都会导致木乃伊的存在。在大自然中，保存在冰川冰层中、缺氧的沼泽深处以及沙漠干燥沙层下的躯体便有可能变成天然的木乃伊。1991年一些旅行者在意大利阿尔卑斯山脉发现的“冰人”就是最轰动的天然木乃伊之一。这具5,300岁的尸体被发现时身边还有保存完好的工具，他死在一座被积雪迅速填埋的岩洞中。事实上，这形成了天然的冰箱，保存了尸体的组织。这具木乃伊为历史学家提供了大量关于欧洲铜器时代的信息，包括代表性技术、人体健康与文身习俗。
在某些情况下，天然木乃伊显着地改变了我们对于历史的看法。在塔克拉玛干沙漠中发现的木乃伊提供了这一地区现代原住民族系的一些线索。木乃伊的面部结构揭示他们是印欧人种的后裔。这个生活在公元前1000年前后的人，太阳穴位置有一个明显的阳光纹身，与一个古代印度-伊朗神的象征符号类似。这一点与其他由木乃伊保存的证据共同表明，这一地区在汉族人到达前几个世纪曾经有印欧商人定居。
