在所有人的期盼声中，浙江省文物考古研究所于2000年2月，对雷峰塔的遗址进行了第一阶段的考古挖掘。此次挖掘除了重修雷峰塔之外，另外一个重要的目的就是发掘地宫。隋唐以后，中国建造的佛塔一般都会建造地宫，用来供奉佛祖舍利、法器以及安放善男信女的施舍品。佛塔地宫是整个佛塔建筑的重要组成部分。而这次挖掘共出土500多块，差不多3万字的石刻佛经，此外还有大量金、银、铜、铁等材质的精美文物。照此看来，雷峰塔地宫内应该珍藏有当时吴越国的国宝。
但是由于雷峰塔的倒塌时间久远，再加上特殊的地理环境，所以考古工作耗时较长。直到2000年年底才在雷峰塔遗址中发现一块大约750千克重的巨石。经过此次考古工作者的仔细研究确认，雷峰塔地宫的入口处应该就在这块巨石下面。
地宫的深入挖掘
2001年3月10日，考古工作人员对雷峰塔地宫发掘现场四周进行了严密封锁，除工作人员外其他人不得擅自闯入。地宫位于雷锋塔遗址的塔心室正中，呈八角形、中心距离达40米的雷峰塔塔基和塔身第一层残部从一万多立方米的淤土中被清理了出来，并加盖了防雨大棚以作保护。
地宫所在的塔心室正中还发掘了一个大坑，坑底有一块已很残破的面积约为0.9米×0.9米的盖板，距离雷峰塔首层平面2.6米。盖板上面还压着一块巨石，此巨石重约750千克。雷峰塔地宫的千年秘密就被它们层层压着，而移开这块巨石成为考古挖掘进展中的当务之急。
