大将军徐达对胡惟庸的擅权乱政，深恶痛绝，便把他的劣迹上告朱元璋。谁知竟被胡惟庸闻知，忌恨在心，企图诱使徐达家的守门人福寿谋害徐达。但因福寿揭发，未能得逞。可见胡惟庸气量狭窄、心计毒辣。
胡惟庸被诛九族
对于胡惟庸的所作所为，朱元璋也略有察觉，对他的擅权更是感到不满。洪武十二年九月，又有阻隔占城贡使一事发生，胡惟庸等人未及时引见占城贡使，又与礼 部互相推卸责任，朱元璋一怒之下，将他们尽行囚禁，不难看出，此时胡惟庸已经受到朱元璋的严重猜忌。就在这年十二月，又查出汪广洋被赐死时，有个从死的妾 陈氏，竟是获罪后妻女并皆入官的陈知县的女儿。朱元璋得知后，更为震怒，说道：“没官妇女只给功臣家，文臣何以得给？”敕令法司要彻底追查此事，因此从胡 惟庸以至六部堂属各官都难辞其咎、负有罪责。此时胡惟庸的地位已岌岌可危了。
在胡惟庸已明显失宠的情况下，大概是揣度到朱元璋的心理，洪武十三年正月，御史中丞涂节首先告胡惟庸谋反。与此同时，被谪为中书省属吏的御史中丞商暠，也揭发了胡惟庸的许多隐私。
朱元璋接到告变后，立即命廷臣进行审讯，随即就把胡惟庸处死了。告变人涂节，也因朝臣参劾说他本来准备参加谋反，因事不成才告变，连同胡惟庸和另一主犯，曾与汪广洋一同参劾李善长的御史大夫陈宁，同时被杀。
洪武十三年，胡惟庸被处死后，胡惟庸案远没有结束，对于胡惟庸的罪状一直都在搜集查证。 洪武十八年(1385)，有人告发李存义和他的儿子李佑，不仅是胡惟庸的至亲，还曾经伙同胡惟庸谋逆。胡惟庸虽已被诛，李存义也必须连坐。这可是祸从天 降，并且为祸不轻，李家揣揣不安。但是朱元璋对此事并未严惩，还特别下诏，李存义与李佑都免于死罪，只是被贬到崇明岛闲住。可能是因为李善长为功臣元老， 朱元璋念及旧情，因而特地从轻发落。按理李善长受到如此殊遇，应该上书谢恩，但是李善长对此事全然不予理会，这种态度令朱元璋感到非常不快。
胡惟庸案的查证一直都在继续着，并且有了新的进展。洪武十九年(1386)明州卫指挥林贤通倭事发，经审讯得知，他是奉胡惟庸的命令下海通倭的，胡惟庸 谋反案有了进一步的证明。洪武二十三年(1390)，又捉拿到奸人封绩。封绩本是元朝的旧臣，后来归降于明，据说他经常往来于蒙、汉之间，曾经为胡惟庸给 元嗣君送过信，胡惟庸在信中称臣，并请元嗣君出兵为外应。其实早在洪武二十一年(1388)，大将军蓝玉出塞时，在捕鱼儿海地方就捕获过封绩，但是由于李 善长施加影响，并未上奏，就把封绩给放了。直到这次，由于封绩再次被捕入狱，李善长终于也被牵连进来了。
