功成还师，蓝玉被加衔为“太子太傅”。闻此，他怏怏不乐，说：“我的功劳难到不能当太师吗!”朱皇帝闻此，杀心大动。
蓝玉身为大将军，的确比较跋扈，平时多养义子，乘势暴横。朝中御史按察，他也敢驱逐这些“纪检”人员。而且，俘获北元可汗妃子后，他也敢入帐强奸，使得元主妃子羞愧自杀。
即使没有这些“过错”，以蓝玉的功劳和能力，他也逃不出一个“死”字。
洪武二十六年春，锦衣卫指挥蒋献上告蓝玉“谋反”，蓝玉被逮捕。只要进了大牢，没罪也要有罪，据狱辞上记载：“蓝玉与景川侯曹震、鹤庆侯张翼、舳舻侯朱寿、东莞伯何荣及吏部尚书詹徽、户部侍郎傅友文等密谋为逆，将伺帝外出耕田举事。”这种“口供”，很可能都是屈打成招。
据《明通鉴》记载，蓝玉征讨纳哈出回京后，对太子朱标曾报说：“我观燕王(朱棣)在北平，阴有不臣之心，殿下应该有所防备。”蓝玉之所以亲近太子，是因皇太子妃是常遇春女儿，蓝玉本人是常遇春小舅子，有这层关系，他自然倾向于太子一系。皇太子朱标天性孝友，自然不信，但燕王朱棣不久即得知蓝玉的一番说话。所以，朱标病死后，朱棣入朝，便意味深长地劝父皇“注意”蓝玉等人“尾大不掉”，“上(朱元璋)由是益疑忌功臣，不数月而祸作。”
