待到后来，他越是军事失败，越是心情焦虑，而大杀自家兵士。据《蜀难叙略》上说，清军进剿追击，张献忠兵败弃成都逃到西充时，已无百姓可杀，乃自杀其卒，每日一二万人。初杀蜀兵，蜀兵尽，次杀楚兵，楚兵尽，后杀同起事之秦兵。一百三十多万人马，两个多月，斩杀过半，以此减负逃窜。张献忠责其下属杀人不力，骂曰:老子只需劲旅三千，便可横行天下，要这么多人做甚!
张献忠一再称梦中得天启，上帝赐天书命他杀罪人。《蜀难叙略》记载，“逆尝向天诅云:人民甚多且狡，若吾力所不及，愿天大降灾殃，灭其种类。又每于随身夹袋中取书册方二三寸许，屏人检阅，然逆初不识字，不知何故。”因此他杀人是负有神圣使命感的，有点像当今以真主名义杀人的恐怖分子，且还要装神弄鬼，谎言欺人。
张献忠还列木为台，命男女共登台上，然后在四面纵火焚烧，一时间惨叫声震天动地，张献忠与属下看着狂笑不已。他为了喂养战马，在杀人剖腹后挖去脏腑，然后用人血浸过的米豆喂马，使马长得十分肥壮。
假如在攻城的时候遇到激烈的抵抗，张献忠就让所掳掠的妇女赤身裸体向城上辱骂。
掳来的妇女，凡是有姿色的都被轮奸得奄奄一息，然后割下首级，将尸首倒埋进土中。女人的下体朝上，据他们认为可以压制炮火。
除了在一种情况下妇女可以免死，那就是张献忠的士兵一进入百姓家，家里的妇女装出十分情愿的样子主动与士兵相淫。因此张献忠的士兵经过的地方，妇女不得不首先迎出来，自己脱衣供他们侮弄，这样才有机会救一家人的性命。
而且张献忠对付妇女还有特别的办法，他设计了一种叫做“骑木驴”的酷刑用来对付不合作的女子:首先将该女子吊起来，使其阴部对准一根直立的木杆，然后割断绳子使该女子坠落下来，木杆遂从女子的阴部穿进，再从口鼻中穿出去。被折磨的女子直到三四天后才死去。民女惊骇之极，只好纷纷主动献身，比娼女还像娼女。
张献忠每攻陷一城，所掳掠的妇女必须由他先挑选出几个姿色美艳的轮流伴宿。这些美女们上半身穿着艳装，下半身赤裸什么也不穿。无论什么时间、什么地点，只要张献忠淫兴勃发，立刻命这些美女横倒在地，进行奸污。等到他玩腻了的时候，便将她们洗剥干净杀死，蒸着或煮着吃。有时他等不及这些美女煮熟了，就带着血大嚼起来。
崇祯十六年(1643年)春天，张献忠连陷广济、蕲州、蕲水等地。他进入黄州的时候百姓都逃走了，于是他驱赶妇女铲城，之后将城里的妇女全部杀死填入沟堑。张献忠的军队由鹦鹉洲进至道士，沿路浮尸遮蔽江面，水面上人的脂油厚达几寸，水里的鱼鳖都不能再吃。
崇祯十七年(1644年)，李自成攻入北京，崇祯皇帝在煤山自缢。接着清军入关，张献忠攻占成都，称大西王，建立大西政权。张献忠到了蜀地后大开杀戒，男子无论老幼一律杀死，或者剥皮后剁碎制成醢酱。妇女们被兵士集体轮奸，轮奸后用刀杀死。张献忠患了疟疾，他就对天许愿说如果病好了就以“朝天蜡烛两盘”贡奉给上天，直到他病好以后周围的人才明白这话是什么意思。张献忠命令兵士，专砍女子的纤足，每个兵士必须至少进献十双小脚。那些如狼似虎的士兵专门搜寻女子的纤足，只要遇见女子就地先将脚砍下来。不到半天军营中的小脚已经堆积如山。张献忠命人将收集来的三寸小脚堆成一座山的形状，称为莲峰。他回头一看自己的小妾的脚也很小，就顺便砍下来堆在莲峰顶上，随后再将这些小脚架火烧毁，名为点朝天烛。至于男子则被砍脑袋或割下阳具，也堆在一起在太阳下暴晒。
