光绪三十四年十月二十二，慈禧死后，李莲英办理完慈禧的丧事，便悄然消失了。对于他的下落至今仍然是一个谜。有人说他在慈禧太后死后，便向隆裕太后请求告老，回到慈禧生前赐给他的南花园过起了低调的生活。他没有大兴土木，也没有过于招摇。只是悄悄的过继了几个侄子为自己的儿子，自己则整天像个花匠似的侍弄花草。直到三年后得痢疾而死。其间，甚至没有人知道他就是曾经在慈禧太后面前呼风唤雨的大太监李莲英。
也有人说，李莲英是被隆裕太后处死的，他死后隆裕太后还把他的巨额财产充了公。不过，朝廷杀李莲英应该是一个轰动一时的大事，不会没有文字的记载。还有人说李莲英一生大量受贿于朝廷内外官员，在慈禧面前呼风唤雨得罪了不少的人。再加上手中的巨额财产也实在是为众多的贪财之徒侧目以待，想夺为己有。于是，李莲英在离开皇宫后不久就被人给暗杀了。甚至还有人说，李莲英是在山东和河北交界处被大盗给劫杀得，李莲英被大盗一刀就结果了。他的两个侍从急着逃走，便只捡了个头回来。现在葬在李莲英墓里的只有一个头颅，没有尸身。
据《清稗类钞》宦官类记载和李家的后人回忆：李莲英并不是死于非命，而是得病而死。记载中称：孝钦殂后，不意又为隆裕后所庇……殆其病卒，隆裕后特赏银两千两”。李莲英的墓志铭中也说李莲英“退居之时，年已衰老，公殒于宣统三年二月初四日”。但李莲英到底是不是善终的呢?
李莲英墓在北京恩济庄太监墓地，李莲英在建坟时耗资巨大，据说建造坟墓时使用了大量的鸡蛋，用蛋白拌石灰，江米粥灌浆，修筑坟茔。有人曾对李莲英的“鸡蛋坟”吟诗一首：“马鬣封头鸡卵坟，黎民血泪染石灰。可叹莲公达显宦，焉与三宝共争辉?”
1966年的时候，人们曾经打开过李莲英的坟墓，人们确实在他的坟墓中发现了大量的珍宝，如象乒乓球一样大小的宝珠，金子做的烟碟以及数不清的珍珠、翡翠、玛瑙等宝物。不过令人吃惊的是，他的棺材里除一颗头颅和一条长辫子外，没有尸身。从墓里的情况来看，李莲英似乎真的是被人杀了个身首异处而死的。不过也有人说，有些太监的墓里面都是只有一个头，这是因为那个时代的人都很迷信，以为自己的残缺之身，是有辱祖宗容颜的事情。死后也没脸去见自己的列祖列宗，于是死后只藏自己的头颅，而将身体舍弃。李莲英死后是不是也是这种情况呢?这也不好说。
