然而，一些学者却认为，康有为虽起草了上光绪皇帝的万言书，但各省举人并未在万言书上签名，更未到都察院上书。“公车上书”只不过是康梁等蓄意编造的一个完整的“神话”，完全是为了抬高康有为维新运动领袖的地位。
首先，康有为说，他起草的万言书曾于5月2日投递，“都察院以既已用宝，无法挽回，却不收”;而他的弟子梁启超则曰，该上书“言甚激切，大臣恶之，不为代奏”，意思是说都察院收下了康有为的万言书，而不愿转呈皇上。二者明显矛盾。 事实上，都察院自4月22日起，即陆续收到了各省公车的联名上书，“初难之，故迟迟不上”，后因文廷式弹幼该衙门“壅上听、抑公议，上命廷寄问之”，都察 院才转变了态度，于4月28日后逐日将收到的上书及时上呈，5月2日一天就转呈了15件条陈，其中包括各省举人的联名上书8件，直至5月9日还代递了分别 由江西举人罗济美、云南举人张成镰领衔的两分上书。如果康、梁等真的曾于5月2日至都察院上书，都察院是绝对不可能“却不收”或“不为代奏”的。
其次，康有为说，4月15日李鸿章“电到北京”，他就先知道割地赔款的消息了;而刊印《公车上书记》的沪上未还氏却明明说是4月17日《马关签约》签 订后，电至京师，才“举国哗然”的。二者亦不相符。据查证，马关议和期间，日方于4月1日提出媾和条款，于4月10日提出条约修正案，李鸿章都于当天电告 了总理衙门，此后虽仍逐日向清廷汇报谈判情况，却再未逐条开列条约内容，康有为根本不可能从4月15日到京的电报中获悉条约都有哪些具体条款。另外，中外 议和事关机密，朝臣多未知晓，康有为当时不过是一名应试的举人，何以能够在《马关条约》签订前两天“先知消息”?假如他果真于4月15日最先了解到议和的 内幕，并当即令梁启超发动各省公车上书，为什么直到4月22日才有广东和湖南的举人上书?他本人为什么要迟至十余日后才开始起草上朝廷的万言书?康有为把自己获得消息的时间提前，无非是要抢占发动公车上书的头功。
公车上书
再次，康有为说，5月2日各省公车“有请除名者”，欲给人造成一种他们已在其所拟万言书上签名的错觉;而未还氏和徐勤都说他们仅仅是要求“取回知 单”，这足以证明各省公车尚未在万言书上签名。事实上，康有为等在签名及人数问题上，有一个明显的造假过程。起初，未还氏说康有为“草疏万八千余字，集众 千三百余人……文既脱稿，乃在宣武城松筠庵之谏草堂传观、会议”;徐勤说“先生于是集十八省公车千三百人于松筠庵，拟上一公呈”。甚至连康有为自编年谱所 说，“合十八省举人于松筠庵开会，与名者千二百余人”，梁启超《戊戌政变记》所载，“既而合十八省之举人聚议于北京之松筠庵，为大连署以上书，与斯会者凡 千三百余人”，都清楚地说明是开会的人数，而非联名上书的人数。后来，梁启超在《康南海传》中提及：“甲午败后，又联合公车千余人上书”;在《三十自述》 中曰：“南海先生联公车三千人上书请变法”;在《清代学术概论》中称：“有为当中日战后，纠合青年学生数千人上书言时事，所谓公车上书者是也”。不但人数 直线上升，而且语意也含混不清了，很容易让人想当然地以为这就是联名上书的人数。康有为《汗漫舫诗集》内有“抗章伏网公车多，连名三千毂相摩”句，且附有 文字说明：“东事战败，联十八省举人三千人上书”，始明确地把这三千人都说成了在万言书上签名者。
此外，《公车上书记》附录有一份“公车上书题名”，翦伯赞《戊戌变法书目题解》指出：《公车上书记》“书后附签名者六百零三人，其籍贯包括十六省”; 而“康有为自编年谱作十八省千二百余人，与此书所载不同”。各省公车既未在万言书上签字，这份名单只可能来自松筠庵会议的“知单”或签到簿，反映的只是参 加会议的人数。鉴于曾有部分举人“取回知单”，而现存的名单中又确实没有山东、浙江、河南、江西、台湾、奉天、黑龙江、新疆、蒙古等省区的举人在内，参加 松筠庵会议者总共或许不止六百零三人，但是否能多达一千二三百人，也还尚有疑问。
康梁发动“公车上书”真实情况到底为何，是确如康梁所说，还是事后编造抬高自己的神话?就目前的研究而言，仍然是个见仁见智的不解之谜。
