康熙五十七年春，准噶尔部首领策妄阿喇布坦出兵进攻西藏，拉藏汗请求清朝发兵救援。五十七年十月胤祯被任命为抚远大将军统率 大军进驻青海，讨伐策妄阿喇布坦，封大将军王，并以天子亲征的规格出征，“用正黄旗之纛，照依王纛式样”。十二月，胤祯统帅西征之师起程时，康熙为他举行 了隆重的欢送仪式，“出征之王、贝子、公等以下俱戎服，齐集太和殿前。其不出征之王、贝勒、贝子、公并二品以上大臣等俱蟒服，齐集午门外。大将军胤祯跪受 敕印，谢恩行礼毕，随敕印出午门，乘骑出天安门，由德胜门前往。诸王、贝勒、贝子、公等并二品以上大臣俱送至列兵处。大将军胤祯望阕叩首行礼，肃队而 行。”
胤祯出征之时，康熙曾降旨青海蒙古王公，说：“大将军王是我皇子，确系良将，带领大军，深知有带兵才能，故令掌生杀重任。尔等或军务，或巨细事项，均应谨遵大将军王指示，如能诚意奋勉，既与我当面训示无异。尔等惟应和睦，身心如一，奋勉力行。”由此可见，胤祯在康熙皇帝心目中的地位非常之高。
康熙十四子画像
五十八年（1719年）三月，胤祯抵达西宁，开始指挥作战。他统帅驻防新疆、甘肃和青海等省的八旗、绿营部队，号称三十余万，实际兵力为十多万人。胤祯 的大将军是个综合管理岗位，参与军事决策指挥，军队调度，部署人事，举荐任命将领，保障后勤，打探敌情，稳定军心，激励部队，调节内部和外部矛盾，笼络达赖喇嘛，青海各部以及其他少数民族，说服青海各部共同出兵护送达赖喇嘛等等。可谓面临的事务错综复杂，需要极强的综合能力。
在一切准备就绪之后，胤祯即指挥平逆将军延信由青海、定西将军葛尔弼由川滇进军西藏。八月，葛尔弼率部进驻拉萨。九月，胤祯命令延信送新封达赖喇嘛 进藏，在拉萨举行了庄严的坐床仪式。至此，由策旺阿拉布坦所策动的西藏叛乱彻底平定，胤祯也因此威名远震。康熙谕令立碑纪念，命宗室、辅国公阿兰布起草御 制碑文。雍正即位后，以碑文并不颂扬其父，“惟称大将军胤祯公德”，令将石碑砸毁，重新撰写碑文。
六十年（1721年）五月，胤祯移师 甘州（今甘肃省张掖市），企图乘胜直捣策旺阿拉布坦的巢穴伊犁。但由于路途遥远，运输困难，没有取得进展。十月，胤祯以军务重大，密奏暂停进剿，得到康熙 的赞同。十一月，胤祯奉命回京述职。经反复研究磋商，康熙决定争取和平解决准葛尔问题，特致书策旺阿拉布坦，令哲布尊丹巴呼图克图选派喇嘛位使，赉书前往 招抚。翌年（1722年）四月，胤祯离京再赴军前。
