李济对国民性充满忧患意识，但批评的目的仍是对未来抱有信心。1954年9月22日，李济在给张光直的信中写道，“中国学术在世界落后的程度，只有几个从事学术工作的人方才真正的知道。我们这一民族，现在是既穷且愚，而又染了一种不可救药的，破落户的习惯，成天的在那里排(摆)架子，谈文化，向方块字‘拜拜’，—这些并没什么‘要不得’—真正‘要不得’的是以为天地之大，只有这些。但是，每一个中国人—我常如此想—对于纠正这一风气，都有一份责任；所以每一个中国人，若是批评他所寄托的这一社会，必须连带地想到他自己的责任。据我个人的看法，中国民族以及中国文化的将来，要看我们能否培植一群努力作现代学术工作的人—真正求知识、求真理的人们，不仅工程师或医师。中国民族的禀赋，备有这一智慧；适当的发展，即可对现代科学工作作若干贡献。你们的一代是负有大使命的。”
西方学者是手拿钉锤、斧头的人
促进科学在中国生根，是李济一贯的思想主张和行为动力；而科学未能在中国生根也是他内心难以消除的紧张和焦虑。
1962年1月，值蔡元培诞生95周年，李济作了《再谈中国上古史的重建问题》的讲座。他说，“把中国上古史这五个字连缀在一起，就构成一大串与自然科学分不开的问题。”他向史学家提出三条参考意见：“第一，史学家应该充分地采用自然科学研究的成果，尤其是与研究人类有亲切关系的部门”；“第二，但是我们要小心，科学成绩的价值也是不相等的”(这里指的是伪科学以及借用科学理论发挥个人偏见的“不成熟的半调子的科学历史观”) ；“第三，中国历史是人类全部历史最光荣的一面，只有把它放在全体人类历史的背景上看，它的光辉才更显得鲜明。把它关在一间老屋子内，孤芳自赏的日子已经过去了。”在中国推进科学思想，可以说是李济学术思想的出发点和归宿。因此，发生在2月24日“中研院”酒会上的那件事，不是李济故意抢白胡适，蓄意跟他唱对台戏，而是他以自己独特的话语体系再一次警醒世人。
很多年后，陈省身在一篇文章中谈道，“香港中文大学有一位英国先生跟我说，你们中国还没有自己训练成的第一流科学家。李济先生也说过，科学在中国没有生根，我都有同感。其实中国训练成的第二、三流科学家有几人？”
