《竹西楼记》中的明教徒，内敛、虔诚而严谨，与长期以来明教徒形迹诡秘、易被煽动举事的公众形象大相径庭。他们是寺院式修行的明教徒。
历代参与农民起义、反抗官府的明教徒，主要是民间秘密结社者。这些民间秘密结社者往往同时还吸收其他民间宗教信仰。在历代封建王朝统治者眼里，秘密结社的民间宗教信徒便等同于造反分子，全部被扣上了“吃菜事魔”的帽子。
近来有人提出，方腊起义与明教徒风马牛不相及，一个重要的理由是明教徒尚白而方腊起义军以红巾为标志。而中国社会科学院的马西沙、韩秉方两位教授在《中国民间宗教史》一书认为，方腊军裹红巾恰恰是因为其中还融合了弥勒教等其他民间宗教的结果，此后的元末的白莲教起义也是如此。
至明初，闽浙两地已成为中国仅存的明教流行区。此时温州明教依然活跃，引起了官府的注意。浙江按察司检事熊鼎借口明教上犯国号予以禁绝，明朝皇帝于是下旨“……明教、白云宗会等，为首者绞”，明令禁止明教活动。
丧失了公开活动权利的明教，终于在明代中叶以后逐渐混同于佛道及其他宗教，很难再从外表上识别了。
明教因依附佛道而获得顽强的生命力，最终也因为依附佛道而走向不可逆转的没落衰败。
