然而，人们不解，现今看到的《蒙娜丽莎》与当初描述的不尽相同。莫非已经过他人做手脚了？的确，我们今天看到的画与当年达·芬奇初画的已经有了不小的差距。
据说，当年拿破仑得到《蒙娜丽莎》，为了将它装进现成的镜框，裁去了画面左右各3厘米；原先的画上两侧有石柱，现在看不到了，只能看见一点柱础。按说拿破仑给此画造成了极大破坏，可事实好像又不是如此。在今人看来，《蒙娜丽莎》的构图是完美无缺的，人物身后的风景拓展了画面空间，又很好地烘托了人物内心世界；相反，两侧增加了立柱反倒觉得构图沉闷，视野欠开阔，人物形象也失去了单纯。
民间也有一种说法认为，画面上蒙娜丽莎身后两旁的廊柱被切掉是由于1911年发生的那起盗窃案。作品失窃两年后，她出现在意大利，但是几年后，《蒙娜丽莎》被归还卢浮宫。但许多专家都认为，这次失而复得只是一场烟幕，真正的《蒙娜丽莎》已经被一位富有的收藏家重金收购，挂在卢浮宫内的只是一件赝品而已。
卢浮宫博物馆
身世之谜
名画问世后的几百年间，人们对蒙娜丽莎的真实身份一直存在争议。流传较广的一种说法是，她真名为丽莎·盖拉尔迪尼，是意大利佛罗伦萨一名商人的妻子。一些历史学家认为，蒙娜丽莎是达·芬奇的自画像，因为达·芬奇是同性恋，感情生活不为人知，所以他把自己画成女人形象。而美国作家丹·布朗在其所着的《达·芬奇密码》一书中提到，蒙娜丽莎这个名字可能是字谜，暗指一位埃及神明。
在关于蒙娜丽莎原型的讨论中，拥趸最多的一种说法认为其原型是佛罗伦萨富商佐贡多的妻子。按照这种说法，达·芬奇应佐贡多的请求，用4年的时间为这位名叫丽莎·盖拉尔迪尼的贵妇绘制了这幅画像。那时，蒙娜丽莎的幼子刚刚夭折，她一直处于哀痛之中，闷闷不乐。为了让女主人高兴起来，达·芬奇在作画时请来音乐家和喜剧演员，想尽办法让蒙娜丽莎高兴起来。这幅画完成后，端庄美丽的蒙娜丽莎脸上那神秘的微笑使无数人为之倾倒。可是，人们又纳闷，如果真是这样，达·芬奇为何没有把画交给委托人，而是一直把它带在身边呢？
那不勒斯的卡罗·维斯教授则认为，画中的蒙娜丽莎不是良家女子，而是那不勒斯的一名高级妓女，达·芬奇捕捉到了一名职业诱惑者的微笑。或许这种说法有其可信之处，因为达·芬奇在佛罗伦萨期间的确是各种风月场合的常客。
达·芬奇十分看重《蒙娜丽莎》，在他生命中的最后几年中，他随时随地带着这幅画。随着达·芬奇的去世，蒙娜丽莎的身世也随即变成了一个谜团。
名叫丽莎·盖拉尔迪尼的贵妇被疑是原型人物
而最近，意大利国家文化遗产理事会主席西尔瓦诺·温切蒂借助显微镜观察油画中蒙娜丽莎的眼睛发现的微小字符又将为画中人的真实身份提供无限的遐想。英国《卫报》援引温切蒂的话报道：“肉眼看不出来。她绿褐色的右眼球上画有黑色的LV字样，很明显这是列昂纳多·达·芬奇的姓名首字母。”相比起右眼，蒙娜丽莎左眼中的内容更值得探索。温切蒂说，左眼球上的字符尚未辨明。“很难清楚分辨……但看起来是字母CE，也可能是B或者S。”温切蒂说，这些字符不是随意涂鸦，也不是随机形成。通过向两名行家咨询得知，这些字符是在放大镜下用微型画笔画出。
