10月16日，国家安全顾问麦克乔治·邦迪向肯尼迪汇报侦查结果，肯尼迪召集他的执行委员会来讨论各种反应方式。其中包括容忍苏联布署导弹、试图采取外交解决以及军事手段如封港、空袭和入侵。图为美国侦察机拍摄照片显示，苏联货船装载着大量导弹。
美国派出6架U-2侦察机拍摄此前发现的导弹发射场，证明当地布署了至少16颗、最多32颗导弹（SS-4和SS-5）。这些导弹的最大射程为4500公里，可以攻击所有美国重要的工业城市，杀伤数百万美国人，预警时间只有五分钟。此外苏联还布署了伊尔-28轰炸机。
10月18日，苏联外长安德烈·葛罗米柯赴白宫与肯尼迪举行早先就计划好的会晤。出于策略性考虑，肯尼迪在会晤中没有提到古巴问题，但华盛顿开始不断有苏联大量向古巴出口武器的消息流传。一些美国将军认为必须立刻进行空袭，然后入侵古巴。肯尼迪最后作出抉择：进行封锁。
