顾起元的《客座赘语》卷一说，刘大夏“取而焚之，意所载必多恢诡谲怪”，烧毁的动机难以服人。陆树声《长水日抄》却是另一种说法，说刘大夏“已先检得，匿其籍”。只说是“匿”，未说是“毁”。再晚些时候，焦竑在《玉堂丛语》卷五中说：“刘先检得之，匿他处。”也是只说是藏匿，没有说是销毁。后来有人诘问：“库中案卷，安得失去？”刘大夏微笑说：“三保下西洋时，所费钱粮数十万，军民死者亦以万计，纵得珍宝，于国何益？此大臣所当切谏。旧案虽在，亦当毁之，以拔其根，尚足追究有无邪？”如果这个记载是可信的，充其量只能说明刘大夏知道这批档案的去处，还不能肯定是他销毁的。也可以据此说他敌视、藐视这批档案，有销毁的动机，但也不能肯定是他销毁的。而销毁的动机与顾起元所说的这些档案内容诡谲怪诞又完全不同。
如果说郑和远航的档案被销毁，毕竟找到了一个嫌疑人刘大夏，但郑和的那支庞大的“特混舰队”的下落呢？是谁藏匿起来了，还是被谁销毁了？是焚烧，凿沉还是拆解？那么多的庞然大物，藏匿或销毁都比档案资料更难掩人耳目。可是至今还没有找到嫌疑人。
由于档案被销毁一空，郑和下“西洋”最大的船有多大也是一个谜。顾起元的《客座赘语》卷一中有《宝船厂》一条，内载：“今城之西北有宝船厂。永乐三年三月，命太监郑和等行赏赐古里、满剌诸国，通计官校、旗军、勇士、士民、买办、水手共二万七千八百七十余员名。宝船共六十三号，大船长四十四丈四尺，阔一十八丈；中船长三十七丈，阔一十五丈。”《明史·郑和传》中记载与此大致相同：“永乐三年六月，命和及其侪王景弘等通使西洋。将士卒二万七千八百余人，多赍金币。造大舶，修四十四丈、广十八丈者六十二。”成书最早的《瀛涯胜览》也有同样记载，而作者是随船的翻译，应该是可信的。但是折算成今天的公制，最大的船长约１５０米，宽约６１米，排水量约在２万吨以上，相当于一艘航空母舰。宝船的主桅杆高达７２米，相当于２４层楼房那么高（按每层高３米计算）。这些数字实在令人难以置信，木材能否制造成这么大的帆船？木质帆船能否承受洋面上的狂风巨浪？仅以风帆为动力能否推进这样的庞然大物？这需要多大的风帆？９桅１２帆需要多少人来操作？这样大的船如何入港靠岸？据雍正《崇明县志》记载，永乐二十二年（１４２４年），郑和远航归来，由于船大吃水深，竟进不了浩荡的长江。有的学者则用他们的船舶专业知识结合历史文献肯定地说，９桅万吨级木质帆船，不仅在明代，即使在当今高科技的时代都是建造不出来的。以当时中国的科技水平和综合国力造不出来，要完成下西洋的各项任务也不需要这么大的船舶，古今中外也没有过那么大的木帆船。另一部分学者则用船舶专业知识结合历史文献记载和水下考古资料肯定地说，考古出土船舶文物、大量的文献资料以及木帆船建造工艺的调查研究可以证明，肯定可以造出４４丈长、１８丈宽的郑和宝船，并预言水下考古还会进一步给以直接的确证。
