吴三桂受人指责在于他引清军入关从而葬送了汉人的天下，所以受到士人的指责被说成是“冲冠一怒为红颜”，殊不知对于当时的南明小朝廷而言，大顺军对它的威胁更大，就算是一直对明朝忠心不二的军人也会采取借军助剿的方式的。岂不看郭子仪借回纥兵打败了安史叛军，成为了中兴之臣，既如此，吴三桂为何不可效法郭子仪呢，这是当时世人的心意，也是吴三桂和南明小朝廷的心意，不要忘了满清就是以为崇祯皇帝报仇的名义入关的，但这只不是满清的心意而是他的策略而已。后人对这一时期吴三桂的评价多由于他引清军入关而葬送了汉家天下而持否定态度，然而历史上哪一个即将灭亡的王朝是一座孤城所能拯救的？而且清军入关之时全民亦不足百万，而能统治天下，这岂是吴三桂引清军入关所能解释的？这是“天命”所归而已。然而人们不敢面对这个事实，所以所有的错都归于吴三桂的一个不由他自己控制的决定了。吴三桂降清后，文人对之讽刺不绝，其中最著名的莫过於吴伟业（梅村）所写的《圆圆曲》。由于世人将吴三桂变节归咎于其爱妾陈圆圆被掳，令吴三桂为夺回陈氏而出卖国家，吴梅村以西施讽今，谱下七言长诗《圆圆曲》，指出陈圆圆无一丝损害国家之举，责任应在吴三桂。诗中中段有几句与西施无关，矛头直指吴三桂的诗句：
尝闻倾国与倾城，翻使周郎受重名。
妻子岂应关大计？英雄无奈是多情。
全家白骨成灰土，一代红妆照汗青！
据说吴三桂曾出重金希望吴梅村删改上述几句，然为吴梅村所拒绝。吴三桂并非一开始就是明朝叛臣，而是由于清打着“为君父报仇”的名义叩关，相对于攻占北京逼死崇祯帝的李自成，被明朝册封过的建州女真反而是自己人。联合清兵共同打李自成的大顺政权，在当时看来再合理不过。然而后续的发展并不如忠直的明朝旧臣所想。清以大明臣属的名义公开寻找崇祯之子，声称会将崇祯之子奉为正统，令其即位。却又自食其言，将明朝旧臣和内宫老太监都认定是崇祯第三子朱慈炯的人处死，并称此人是假冒的崇祯后裔。自此明庭失去了正统的继承人，明室的诸亲王都缺乏正统性和号召力，南明小朝廷也不得不走向了衰亡之路。此时的三大降将吴三桂、耿精忠和尚可喜三人已是骑虎难下：清廷已经坐大，只有协助清廷消灭南明，才能保他们家族的平安，并消除他们降清的道德危机。明室虽从未薄待过吴三桂，身为降将的吴三桂却不得不积极的消灭南明，并最终手刃永历帝以向新主子表忠心。
作为一个军人，是最容易卷入政治的，然而军事毕竟不同于政治，军事讲究忠与信而政治最是虚伪与狡诈。所以军人参政往往没有什么好的结局。能够如郭子仪般全身而退者毕竟少之又少，吴三桂希望做一个中兴之臣，而历史却将他定义为一卖主求荣之人，而这是吴三桂所万万想不到的，也是他无法抉择的。不是军人选择了政治，而是政治选择了军人。所以不要再渴求于吴三桂了。他已经做到了他该做到的，完成了历史的使命。
