玄奘到达凉州（今甘肃武威）地界时，住了一个多月，为当地僧众祭坛说法，很受欢迎。凉州是甘肃河西走廊的一个大都会，是“丝绸之路”上的一个重镇。当时为防备颉利可汗的突厥军队侵扰，凉州都督李大亮接到朝廷圣旨：封锁边关，禁止人员西行。当玄奘打算继续西行时，凉州守关官兵不敢自作主张开关放行，只好先行呈报李大亮定夺。李大亮知道玄奘的名声，让部下转达他的命令：不许西行取经，立即回京。
玄奘顿时陷入进退两难境地。也许天无绝人之路，凉州有一位叫慧威的和尚帮了他。慧威是河西一带的佛门领袖，很有权威。慧威得知李大亮的限令后，决定帮助玄奘。他派了慧琳、道整两个弟子护送玄奘偷偷出关。白天官兵防守甚严，无法出关，于是他们夜半更深时找个无人处顺着绳索偷偷出城。
玄奘在慧琳、道整两个和尚的护送下，一路上风餐露宿，昼伏夜行，几日后到达瓜州（今安西）。瓜州刺史独孤达敬重佛法，听说玄奘法师来到，热情款待。此时凉州都督李大亮追访玄奘的公文很快也跟来了。他们对玄奘的身份产生了怀疑。一个叫李昌的官员私下将公文拿给玄奘看，并问道：“法师是不是此人？”玄奘迟疑着不敢作答。李昌又说：“请法师说实话，如果你就是玄奘，我为你想办法。”玄奘只得如实相告。知道实情的李昌为玄奘的行动和精神所感动，当着玄奘的面撕掉文书，让他尽快动身。离开瓜州后，他为了避开官府的盘查，不敢公然行官道，却又必须依傍官道，以免遭迷路，但随时有遇到官兵的危险。
玄装西天取经
在瓜州以前，玄奘虽然也遇到了困难，但基本上还算是一路顺利。从瓜州开始，直到伊吾（今新疆哈密）之间的九百里旅途，才是玄奘西行求经最为艰难的一段。
瓜州最大的自然特点是沙漠和大风。玄奘告别李昌后，景况就很不妙了。首先，他来时所骑的马死了，从凉州来的两个僧人也相继离他而去，再加上前路艰难，没有人愿意冒险给他带路，玄奘心里一片忧虑。就在这时，有个胡人石磐陀愿意与他同行。可是这胡人并非忠实的路伴，进入沙漠后，因为畏惧，中途丢下玄奘，回去了。无奈，玄奘只好一个人硬着头皮偷偷穿越五个烽燧，进入了八百里大沙漠——莫贺延碛大沙漠。在穿越中，他差点儿被守护的士兵射中。进入沙漠后，虽然没有官兵的威胁，但来自大自然的危险更恐怖。沙漠中独特的海市蜃楼现象，犹如鬼魅魔影，时时缠绕着玄奘，而遮天的大漠风沙不时从他身边裹挟而过。此时，唯一的水囊又不幸失手掉在地上，水洒得一滴不剩。玄奘想到了退却，并且真的退却了。他往回走了十多里，但最终又折回头，向西而去。五天后，在没有水又迷了路的情况下，玄奘奇迹般地走出了沙漠，到达西域第一站——伊吾，又过数日，到了高昌国（今新疆吐鲁番县）。
在高昌国内，玄奘再次遇到阻挠。
高昌国王麴文泰听说玄奘到来，遣使迎候，并与玄奘结拜为兄弟。他希望用盛情把眼前这位博学的僧人留在自己的身边。玄奘的西行路途再一次受阻，他以绝食抗争，以表他西行的决心。到了第四天，玄奘已经非常虚弱了，鞠文泰只好同意放他走，而且提供了难以想象的丰厚物资。临行前，麴文泰要求玄奘从印度返国路过高昌国时，留住三年。还要求讲经一个月后才能走，玄奘一一答应。
离开高昌时，玄奘第一次有了自己的取经团队，总数达到了三十人。这个团队只存在了很短的时间，随后的一场大雪崩和高原反应夺去了大多数人的生命，只有两个弟子和玄奘侥幸存活。
631年，玄奘穿越了二十多个国家的国土后，终于踏上印度国土，看到了那烂陀寺。
