蒙古帝国兴起之后，施政残酷，赋税繁重，但在宗教政策方面却出奇的开放，允许“百花齐放”。当然，一切均有一个前题：为大元帝国服务!刀光剑影之中，十字架、降魔杵、道锣袄火，好不热闹。蒙古人本身信奉的宗教，是一种多神的萨满教，即女巫跳大神的那种原始宗教，占卜烧骨，驱魔治病，祈祷“长生天”，信仰“三魂”，形式比较低级。成吉思汗时代，中原汉地的僧人海云和道士邱处机等人深得青睐，八思巴像但并非是这些人的道行和佛法让铁木真开窍，主要是老可汗想从这些人身上得取“常生不长”术，典型的蒙古实用主义思想。蒙哥汗时代，密宗大和尚那摩获得信任，并在1255年僧道第一次于和林举办的“大专辩论会”上击败道士，蒙哥汗为此宣布：“佛门如掌，余皆如指”，把藏传佛教置于儒、道两教之上。三年以后，僧道第二次辩论会开平之辩，由忽必烈主持，由于他本人的“上师”就是吐蕃人八思巴，倾向性明显，自然佛教又获胜。
讲起元朝的藏传佛教，必定要讲八思巴这个人。此人是萨思迦派首领萨班的侄儿，七岁时即能诵经数十万言，“国人号之圣童，故名曰八思巴。”萨班去世后，这位少年便被拥戴为萨迦派第五位教主。1252年，八思巴在六盘山与时任“总领漠南军事”的蒙哥汗之弟忽必烈相见。由于要行军经过藏地，忽必烈把八思巴请来，本是想让他协助蒙军到藏地征集军需物资。八思巴婉拒，表示说藏地地广人稀，财源稀少。忽必烈恼怒，便想马上打发八思巴回老家。但是，由于忽必烈的正妻察必信奉密宗，便劝夫君说，八思巴功德盛大，应该把他留下。此前，察必刚刚接受了八思巴的“喜金钢灌顶”。“灌顶”本是古印度一种宗教仪式，即取四海之水灌洒于国王头顶以致福运，后为密宗借用，常以此仪式向人行传法灌顶和结缘灌顶。女人喜欢这些奇怪的仪式，察必受灌后把自己价值连城的一粒硕大珍珠“贡献”给八思巴，崇敬得不行。枕边风最硬，忽必烈又传八思巴入见。为了保住萨思迦派在藏的优势，八思巴历数自己宗族教派长期以来在吐蕃、西夏、印度等地的崇高地位。派人察问，一切属实，忽必烈大悦，与八思巴日见亲近。
在老婆察必撺掇下，忽必烈也想“灌顶”。关系好归关系好，八思巴非要忽必烈在仪式上跪受仪式，以弟子身份膜拜“上师”(即八思巴本人)。忽必烈不悦，蒙古人当时正在兴盛的巅峰，自然不愿意宗教凌驾于世俗王权之上。最后，还是察必提出一个折中方法：“听法及人少之时，上师可以坐上座。当王子、驸马、官员、臣民聚会时，恐不能镇伏，由汗王坐上座。吐蕃之事悉听上师之教，不请于上师不下诏命。”这稀泥和得好，既让忽必烈脸面过得去，又给了八思巴在吐蕃“话语权”的实惠。皆大欢喜之余，1253年初，忽必烈在大营中接受“喜金钢灌顶”仪式。当时，“弟子”38岁，“上师”才16岁。
仪式结束后，忽必烈向八思巴“孝敬”了一块由巨大羊脂好玉雕成的印玺，并赠黄金白银珍宝袈裟无数。而后，有好长一段时间八思巴经凉州返回西藏，但师徒二人精神上的关系十分亲密。
忽必烈支持密宗、推崇藏传佛教的最初出发点，无非是想“因其俗而(怀)柔其人”，统战手段而已。但蒙古人一直缺乏健全的、高级的“精神生活”，佛教又“博大精深”，忽必烈很快就成为真正虔诚的佛教徒。中统元年(公元1260年)，忽必烈继汗位后，马上封八思巴为国师，授其白玉大印，“任中原法主，统天下教门”。至元元年(1264年)，忽必烈又设总制院(圣元二十五年改名为“宣政院”)，负责蒙古的一切宗教事务，并让八思巴负责。所以说，忽必烈时代，八思巴成为元帝国的一切辖地的“精神领袖”，真正的“教皇”。藏传佛教，终于奠定了他们在蒙古统治地区的无上地位。
八思巴对元朝做的真正有实际意义的一件事，是至元六年奉诏创制蒙古新字，“其字仅千余，其母凡四十有一”。在此之前，蒙古人自己没有本民族文字，刻木结草记事而已。蒙古人兴盛后，主要以汉语和畏兀儿语传递文书和发布命令，“考诸辽(国)、金(国)，以及遐方诸国，例各有字。今(蒙古)文治浸兴，而字书有缺，于一代制度，实为未备”，所以，八思巴的“蒙古新字”，终于填空了元朝“立国规模”的一顶大空白。由此，忽必烈“升号八思巴曰‘大宝法王’，更赐玉印”。八思巴“新字”，实际上是在藏文字母的基础上，又弄出整套方形竖写的拼音字母。由于他本人精熟梵语、蒙古语，又是学者出身，在弟子帮助下，鼓捣出这种文字方案，应该不是件很难的事情。但是，由于八思巴文难于习写，不能在帝国中下层以及汉人中间推行，元末渐废弃不用。现在，八思巴文的研究反而成为不少中外学者的“饭碗”，因为忽必烈时代不少公文、案牍、碑刻以及钱币上均有八思巴文，许多佛经也译成八思巴文。
1276年，八思巴回藏地。忽必烈依依不舍，一直把这位“精神导师”送到青海的阿尼玛卿雪山之下，二人才依依惜别。估计在大都八年多，大和尚得了“氧中毒”，四年之后，八思巴就病死，年四十六。忽必烈闻之震悼，赐号“皇天之下一人之上开教宣文辅治大圣至德普觉真智佑国如意大宝法王、西天佛子、大元帝师”。基本把能用上的好字都用上了。
从八思巴本人讲，他不仅推动了蒙藏之间的关系，又加强了吐蕃藏地依附中原帝国的纽带，确实算个“好人”。而后，清朝帝王有样学样，进一步利用宗教关系加强了对西藏的统治，并推陈出新，创造出达赖、班禅等转世制度，确保了对藏地的统治。
此外，据元末作家叶子奇的《草木子》记载，忽必烈尊崇八思巴，还有以下的一个原因：
